Экспозиция посвящена истории главной политической тюрьмы царской России.
Тюрьма Трубецкого бастиона построена на территории Петропавловской крепости в 1870—1872 годах по проекту инженеров К. П. Андреева и М. А. Пасыпкина. Двухэтажное, пятиугольное в плане здание было возведено на месте разобранных внутренних стен Трубецкого бастиона. С первых дней существования она выполняла функции следственной политической тюрьмы, все заключенные находились под контролем высшего органа политического сыска России — III Отделения (позднее Департамента полиции). В 1880—1884 годах в Трубецком бастионе существовала и политическая каторга, предусматривавшая более суровые условия содержания каторжан по сравнению с подследственными. В тюрьме Трубецкого бастиона была создана строжайшая система одиночного заключения, целью которой была полная изоляция заключенного от внешнего мира и других арестантов. Первоначально в тюрьме было 71 одиночная камера, а с 1878 года их стало 69. Охрана тюрьмы осуществлялась единственной в стране специальной Наблюдательной командой, с 1880 года к ним была добавлена команда жандармских наблюдателей
За время существования тюрьмы при самодержавии через ее камеры прошло более полутора тысяч узников. Здесь находились в заключении многие деятели российского революционно-освободительного движения. В 1870—1880-х годах это — участники народнического движения П. А. Кропоткин, Г. А. Лопатин, В. Н. Фигнер, А. И. Желябов, Н. А. Морозов, А. И. Ульянов и многие другие. С 1890-х — социал-демократы А. С. Шаповалов, П. Н. Лепешинский, М. А. Ольминский, Н. Э. Бауман; в период революции 1905—1907 годов — писатель М. Горький и члены депутации, выступавшие против кровопролития; члены Петербургского Совета рабочих депутатов Л. Д. Троцкий, А. Л. Парвус, представители партии эсеров Б. В. Савинков, Е. К. Брешко-Брешковская, С. В. Балмашев, В. М. Чернов.
После Февральской революции 1917 года в тюрьму Трубецкого бастиона были доставлены министры царского правительства, в том числе А. Д. Протопопов, Б. В. Штюрмер, И. Г. Щегловитов и деятели политического сыска А. И. Спиридович, С. П. Белецкий, А. В. Герасимов, генералы С. С. Хабалов, П. И. Ренненкампф. В октябре 1917 года в Трубецкой бастион были заключены члены Временного правительства, участники юнкерского мятежа, затем деятели запрещенной партии кадетов и прочие, недовольные властью большевиков. Камеры тюрьмы стали местом массового заключения, одиночный режим применялся лишь к отдельным арестованным.
Официально тюрьма Трубецкого бастиона была закрыта в марте 1918 года. Но, несмотря на это, здание использовалось для тюремных целей вплоть до 1921 года. Последними ее узниками стали участники Кронштадтского мятежа.
Экспозиция рассказывает об истории тюрьмы Трубецкого бастиона, о судьбах арестантов, прошедших через ее камеры, об особенностях режима и условиях содержания узников. Отдельный раздел посвящен узникам советского времени. Архивные материалы, фотографии, макеты, мультимедийные программы, аудиозаписи с воспоминаниями узников и, конечно, подлинные сохранившиеся до наших дней стены, камеры, коридоры тюрьмы красноречиво свидетельствуют о страшном прошлом этого места. Тюремные камеры восстановлены на периоды 1870—1872 гг., 1872—1879 гг., 1879—1898 гг., 1898—1917 гг., с помощью макетов реконструированы отдельные эпизоды тюремной жизни: ввод арестованного в тюрьму, обыск арестованного, комната свиданий и т.п. Музеефицированы помещения тюремной библиотеки и часовни.