Егор Кончаловский родился 15 января 1966 года в русско-казахской семье кинорежиссёра Андрея Михалкова-Кончаловского и актрисы Натальи Аринбасаровой. По поводу своего происхождения в 2011 году он сказал: «Хочу сделать картину о царице Томирис. Вынашиваю этот исторический проект. Я интересуюсь историей Казахстана. Часть моих корней здесь, на этой земле... Здесь я считаю себя казахом, в России — русским»[1].
Родители развелись, когда ему было три года, отец женился на Вивиан Годе (Viviane Godet) и уехал во Францию, но он был любимым внуком Сергея Михалкова и всегда своим на Николиной горе.
1984-1986 — служба в армии (кавалерийский полк при киностудии «Мосфильм»).
1988-1990 — Международная школа St. Clares в Оксфорде, Великобритания.
1990-1991 — Кенсингтонский бизнес-колледж, Лондон.
Одновременно работал ассистентом режиссёра у отца Андрея Кончаловского на картинах «Танго и Кэш» (1989), «Гомер и Эдди» (1989), «Ближний круг» (1991).
В 1992 году совместно с Андреем Разенковым создал рекламную студию «PS TVC» (Partner Studio TVCommercials). Как режиссёр телевизионной рекламы, снял около 150 роликов, в том числе для «Проктер энд Гэмбл», «Марс» (в том числе «Сникерс», «Баунти», «Дав»), «Видал Сассун», «Баскин Роббинс», «Индезит», «Сони»...
В 1994 году защитил диплом магистра истории искусств в Кембриджском университете. По образованию — искусствовед, специализировался на творчестве Дюрера и Рембрандта.
С 1997 года — художественный руководитель рекламного агентства полного цикла «Prospect Advertising».
В 1999 году продюсер Игорь Толстунов предложил ему снять фильм «Затворник», с которого начался путь Егора в большом кинематографе.
3-4 октября 2014 года Егор Кончаловский принял участие в театрализованных онлайн-чтениях «Каренина. Живое издание»